介绍

欢迎来到CASSIA R教程！本指南将详细引导您更好地使用CASSIA包。

什么是CASSIA？

CASSIA (Collaborative Agent System for Single-cell Interpretable Annotation)旨在利用多智能体大型语言模型(LLMs)的能力来增强细胞类型注释。我们将在本教程中详细介绍每个智能体的原理以及使用方式。

图1：CASSIA的多智能体工作流。(a)用户提供输入，包括物种、组织、标记基因和模型选择。(b)核心智能体通过注释、验证、格式化、评分和报告处理数据。(c)CASSIA输出全面的注释结果，包括细胞类型、亚型、混合群体和质量评分。(d)可选的专业智能体为复杂分析提供额外功能。

CASSIA的表现如何？

下面的热图显示，CASSIA在各种物种和组织中的表现优于大多数其他无参考方法。

图2：CASSIA与其他细胞类型注释方法在不同数据集上的性能比较。较高的值(红色)表示更好的性能。

让我们准备开始吧！