注释增强（可选）

注释增强是一种高级验证工具，通过多次迭代分析增强注释的置信度。它特别适用于：

• 验证低置信度注释
• 获取特定细胞簇的详细见解
• 解决模糊的细胞类型分配
• 生成全面的验证报告

所需组件

1. 输入数据：

   • CASSIA批量分析的完整结果CSV
   • 原始标记基因文件（Seurat输出或自定义标记文件）
   • 簇上下文信息
   • 特定簇标识符

2. 模型配置：

   • 推荐：通过OpenRouter使用anthropic/claude-3.5-sonnet
   • 可以使用其他模型，但可能提供不同级别的详细信息

运行注释增强

# 设置参数
validation_config <- list(
    model = "anthropic/claude-3.5-sonnet",
    provider = "openrouter"
)

# 定义簇信息
cluster_info <- "Human PBMC"

# 指定要验证的簇
target_cluster = "CD4+ T cell"

# 运行验证
runCASSIA_annotationboost(

    # 必需参数
    full_result_path = "cell_type_analysis_results.csv",
    marker = marker_data,
    cluster_name = target_cluster,
    major_cluster_info = cluster_info,
    output_name = "Cluster1_report",
    num_iterations = 5, # 验证轮数

    # 模型配置
    model = validation_config$model,
    provider = validation_config$provider,
)
R

参数详情

• full_result_path：原始CASSIA结果的路径
• marker：标记基因数据（与初始分析中使用的相同）
• cluster_name：目标簇名称
• major_cluster_info：数据集上下文
• num_iterations：验证轮数（默认：5）

故障排除

1. 低置信度结果：

   • 增加num_iterations
   • 检查标记基因质量
   • 检查簇的质量，包括去双胞，去批次，去背景污染等

2. 不一致结果：

   • 检查标记基因一致性
   • 验证输入数据质量
   • 考虑生物变异性